Битрикс24, которыми вы больше не пользуетесь, можно полностью удалить со всеми данными: файлами с диска, элементами CRM, задачами и т.п!
Удалить Битрикс24 может только администратор. Удаление доступно, если в Битрикс24 нет активных сотрудников.
Вручную можно удалить только Битрикс24, который ни разу не был на платном тарифе. Битрикс24 с активным или истекшим коммерческим тарифом можно удалить только по запросу.
Все подробности и инструкцию вы найдете здесь.
https://helpdesk.bitrix24.ru/open/19566456/