Обновляем компанию средствами API
$cCompany = new \CCrmCompany( false );
$arOptions = array(
'DISABLE_USER_FIELD_CHECK' => true,
"CURRENT_USER" => 1,
"ENABLE_SYSTEM_EVENTS" => true
);
$upRes = $cCompany->Update($компания, $поля_компании, true, true, $arOptions);